[JSup] può essere eseguito in diverse modalità:

• Stand-alone: un'unica istanza del programma fornisce sia l'interfaccia utente (grafica desktop e web), sia la comunicazione con il PLC e la logica generale. E' la modalità di esecuzione predefinita di un'[JSup application|applicazione JSup].
• Server-only: un'istanza del programma dedicata esclusivamente alla comunicazione con i PLC e all'esecuzione della logica condivisa da parte di tutti gli utenti ([Domini di JSup#Dominio Shared|dominio Shared]), permette la connessione da parte dei client. Fornisce, inoltre, l'eventuale interfaccia web. L'istanza server può essere anche installata ed eseguita come [Run JSup as a service|servizio di Windows], in modo da essere eseguita indipendentemente dall'utente loggato sulla macchina.
• Client: l'istanza di JSup dipende, per il [Domini di JSup#Dominio User|dominio User], da un'istanza server. L'istanza server può essere eseguita sul medesimo PC, così come può risiedere su un PC raggiungibile in rete TCP/IP. L'istanza Client fornisce l'interfaccia grafica desktop (quella web è a carico dell'istanza Server) ed implementa la logica definita nel [Domini di JSup#Dominio User|dominio User]. Vedere [JSup Command line options#Run JSup as a client].
• Web client: vedere [JSup 6 HTML5 web server configuration] per abilitare gli utenti ad accedere ad un'applicazione JSup da browser web.