JSup può essere eseguito in diverse modalità:

• Stand-alone: un'unica istanza del programma fornisce sia l'interfaccia utente (grafica desktop e web), sia la comunicazione con il PLC e la logica generale. E' la modalità di esecuzione predefinita di un'applicazione JSup.
• Server-only: un'istanza del programma dedicata esclusivamente alla comunicazione con i PLC e all'esecuzione della logica condivisa da parte di tutti gli utenti (dominio Shared), permette la connessione da parte dei client. Fornisce, inoltre, l'eventuale interfaccia web. L'istanza server può essere anche installata ed eseguita come servizio di Windows , in modo da essere eseguita indipendentemente dall'utente loggato sulla macchina.
• Client: l'istanza di JSup dipende, per il dominio User, da un'istanza server. L'istanza server può essere eseguita sul medesimo PC, così come può risiedere su un PC raggiungibile in rete TCP/IP. L'istanza Client fornisce l'interfaccia grafica desktop (quella web è a carico dell'istanza Server) ed implementa la logica definita nel dominio User. Vedere JSup Command line options - Run JSup as a client.