[JSup] può essere eseguito in diverse modalità:
 * '''Stand-alone''': un'unica istanza del programma fornisce sia l'interfaccia utente (grafica, sia desktop che web), che la comunicazione con il PLC e la logica generale.

 * '''Server''': un'istanza del programma dedicata esclusivamente alla comunicazione con i PLC e all'esecuzione della logica condivisa da parte di tutti gli utenti ([dominio Shared di JSup]), permette la connessione da parte dei client. Fornisce, inoltre, l'eventuale interfaccia web. L'istanza server può essere anche installata ed eseguita come '''servizio di Windows''', in modo da essere eseguita indipendentemente dall'utente ''loggato'' sulla macchina.
 * '''Client''': l'istanza di JSup dipende, per il [dominio Shared di JSup|dominio Shared], da un'istanza server. L'istanza server può essere eseguita sul medesimo PC, così come può risiedere su un PC raggiungibile in rete TCP/IP. L'istanza ''Client'' fornisce l'interfaccia grafica ''desktop'' (quella web è a carico dell'istanza ''Server'') ed implementa la logica definita nel [dominio User di JSup|dominio User].