JSup può essere eseguito in diverse modalità:
 * '''Stand-alone''': un'unica istanza del programma fornisce sia l'interfaccia utente (grafica), che la comunicazione con il PLC e la logica generale.
 * '''Server''': un'istanza del programma dedicata esclusivamente alla comunicazione con i PLC e all'esecuzione della logica condivisa da parte di tutti gli utenti (dominio ''Shared'' di JSup), permette la connessione da parte dei client.
 * '''Client''': l'istanza di JSup dipende, per il dominio ''Shared'', da un'istanza server. L'istanza server può essere eseguita sul medesimo PC, così come può risiedere su un PC raggiungibile in rete TCP/IP.